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이와 같은 국소치료가 이루어 지면 조직검사 결과에 따라 화학 요법이나 방사선 치료와 같은 보조 치료를 하여 유방암을 완치하고자 하는 노력을 하게 됩니다. 즉 보조적 화학 요법이나 호르몬 치료는 현재 전이가 없는 환자에서 몸 안에 있는 눈에 보이지 않는 암세포들을 없애기 위해서 하는 치료입니다. 그러나 불행히도 100%의 모든 환자가 보조적 치료로 완치가 가능한 것은 아닙니다. 또 항암제나 호르몬치료에 대하여 어떤 환자가 이러한 치료에 반응을 할 것인지 아닌지를 미리 알 수 있는 방법이 현재로서는 없습니다. 그래서 현대의 유방암 연구의 많은 부분이 이러한 암의 생물학적 특성을 미리 알아내려는 노력을 하고 있습니다.
 
1) 항암 화학요법
유방암에 대한 전신 화학요법은 1950년대에 들어 수술이 불가능한 경우의 치료를 위해 도입되었습니다. 이후 유방암은 국소지역적 질환이 아니라 전신질환이라는 개념의 변화에 따라 다양한 전신 치료요법이 개발되었으며 항암화학요법에 대한 연구도 꾸준히 이루어지고 있습니다. 유방암 환자는 모든 경우에 화학 요법을 하는 것이 아니라 어느 정도 진행된 경우에 화학 요법을 받게 됩니다. 다른 암도 마찬 가지이지만 유방암도 조기에 발견된 경우(유방암의 크기가 1cm 미만)에는 수술로 완치가 가능하기 때문에 화학 요법이 필요 없습니다.
유방암 환자 중 화학 요법을 하는 경우는 유방암의 크기가 2cm 이상이거나 액와부 (겨드랑이)의 림프절에 이미 전이되었거나 유방암의 특성이 예후가 나쁜 경우(호르몬 수용체가 없거나 유방암이 빨리 성장하는 경우)입니다. 유방암의 크기가 1-2cm 사이인 경우는 현재 약간의 논란이 있으나, 폐경 전인 여성의 경우에는 화학 요법을 시행하는 추세입니다.
유방암의 항암 치료는 한가지 약제보다는 여러 가지 약제를 사용하는 경우가 많습니다. 기존에 유방암의 항암화학요법에 쓰이던 방법으로 cyclophosphamide, methotrexate, 5-fluorouracil(5-FU)의 병합요법을 시행하는 방법이 있고, 최근에는 anthracycline, cyclophosphamide의 병합요법에 대해서도 많은 연구가 이루어져 시행되고 있습니다. 특히 유방암 표지자 중의 하나인 HER-2/neu 양성인 경우에는 anthracycline을 근간으로 하는 항암요법이 효과적이라는 보고가 있으며. 그밖에도 보다 효과적이면서도 부작용이 적은 요법을 찾아내려는 노력이 진행되고 있습니다.
수술이나 방사선요법 등의 국소치료를 시행하기 전에 항암제를 투여하는 유도항암요법은 원래 절제 불가능한 원발성 유방암에서 오랫동안 표준 치료로 시행되어 왔으나 최근의 연구에서는 수술 전 화학요법으로써 질병의 병기를 낮출 수 있고 그럼으로 해서 유방 절제술이 필요한 환자를 유방 보존술이 가능케 만들 수 있음을 보여 주고 있습니다. 수술 전 화학요법은 치료를 조기에 시작하게 되고, 반응 여부에 따라서 치료를 변경할 수 있다는 점에서 좋은 결과를 가져올 것이라는 가능성이 있지만 환자가 항암요법의 부작용을 겪어야 하고 비용에 비해 뚜렷한 생존률의 향상을 보이지 못하기 때문에 아직까지 논란이 많이 되고 있습니다.
 
2) 호르몬 치료
호르몬이란 한 세포에 의해 생성되어 혈관을 통해 멀리 떨어진 세포에 영향을 주는 물질입니다. 대표적인 호르몬이 에스트로겐, 프로게스테론, 성장 호르몬 등입니다. 여성 호르몬인 에스트로겐은 유방을 구성하는 세포에 성장 촉진 작용을 하는 역할을 합니다. 유방암세포도 정상 유방 세포와 마찬가지로 에스트로겐에 영향을 받습니다
유방암에서의 호르몬 치료는 이러한 에스트로겐의 작용을 차단하여 유방암 세포의 성장을 억제하려는 전략입니다. 호르몬 치료는 항암 화학요법에 비해 부작용이 적고 비용이 저렴하며 호르몬 치료의 대상이 되는 환자군에서 항암요법과 비슷한 치료성적을 내는 장점이 있는 반면 반응하는 환자가 제한되어 있고 장기복용(5년) 해야 하며 일정시간이 지나면 암세포가 내성을 갖게 되는 경우가 있다는 단점이 있습니다. 주로 수술 후의 조직검사 결과 그리고 환자의 폐경여부에 따라서 수술 후의 보조치료를 선택하게 되고 때로는 항암 요법과 호르몬 치료를 병행할 수도 있습니다.
가장 대표적으로 사용되는 약제가 항에스트로겐 제제인 타목시펜입니다. 타목시펜 요법은 폐경후 여성이나 에스트로겐 양성인 폐경 전 환자에서 항암 치료 후 많이 사용됩니다. 강조할 점은 타목시펜은 암세포를 죽이는 것이 아니라 에스트로겐 수용체를 차단하여 암세포의 성장을 방해한다는 사실입니다. 그 밖에도 타목시펜의 부작용을 줄이고 반응률을 높인 새로운 약제들이 개발되어 시판되고 있지만 아직 비용 대 효과면에서 타목시펜을 능가할 만한 약은 나오지 않고 있습니다.
타목시펜으로 인한 부작용은 안면 홍조(얼굴이 화끈 거림), 불규칙한 생리, 질내 분비물 등이 있으며 드물게 체액 저류, 우울증 그리고 피부 홍반 등의 증상이 나타날 수 있습니다. 가장 중요한 합병증 중 하나는 자궁 내막암의 빈도를 증가시킬 수 있다는 것입니다. 최근에는 타목시펜의 복용으로 유방암의 발생을 예방하려는 연구가 이루어지고 있지만 결과를 얻기 까지는 아직 시간이 더 필요할 것 같습니다.
 
3) 방사선 치료
유방 보존수술을 받은 환자나, 국소적으로 병이 심했던 환자에서는 수술부위에 남아 있을지도 모르는 암세포를 제거하기 위하여 방사선치료를 받습니다. 여러 연구들에 의하면 방사선 치료는 유방암의 국소재발을 감소시키는 효과는 있으나 장기생존률에는 영향을 미치지 않는다고 합니다. 그러나 최근에 고위험군 환자들을 대상으로 한 연구에서 전신 항암요법과 방사선요법을 시행하였을 때 생존율의 향상이 있었고, 방사선 치료가 고위험군 유방암 환자의 치료에 중요한 부분임이 증명되었습니다. 수술 후 방사선 치료를 시행 받아 효과를 기대할 수 있는 고위험군 환자로는, 전이된 림프절 개수가 4개 이상인 경우 및 진행된 상태의 유방암인 경우입니다. 또 유방보존술을 받은 환자에서는 남은 유방에 암이 재발하는 비율을 절반으로 낮추어 주는 필수적인 치료입니다.
일반적으로 이 치료는 수술후 약 3주가 경과되면 시작합니다. 하루에 수분간 기계 속에 들어갔다 나오면 되나 약 6-7주간 토,일요일을 제외하고 매일 받는 치료로 인내와 끈기가 필요하고 환자의 상태에 따라 치료방법이 바뀔 수 있습니다.
치료 초기에는 피부의 화상, 만성피로감, 피부색의 변화, 백혈구의 감소가 있을 수 있으나 잘 나으며 치료가 끝난 후에 유방이 위축되거나 단단해지는 등의 합병증이 있으며 드물게 폐렴이 나타나 고생하는 경우도 있지만 이들 또한 잘 회복됩니다.